Sở Y tế TP HCM đang nghiên cứu, tham mưu UBND TP nâng cao chất lượng y tế tại Côn Đảo. Tuy nhiên, Trung tâm y tế Quân Dân y Côn Đảo đang gặp một số khó khăn, gồm thiếu nhân lực có chuyên môn cao, vướng mắc khi đấu thầu mua thuốc, vật tư y tế, hóa chất và vận chuyển cấp cứu bệnh nhân. Các chuyên gia đề xuất tập huấn, đào tạo chuyên môn tại chỗ, trực tuyến, triển khai bác sĩ gia đình, luân phiên bác sĩ chuyên khoa, đề xuất chính sách thu hút bác sĩ về công tác tại Côn Đảo.
Sự phát triển nhanh chóng của hệ thống y tế tư nhân tại TP. HCM đang đặt ra nhiều lo ngại về chất lượng và đảm bảo an toàn. Việc các phòng khám tư nhân hoạt động dễ dàng mà không bị kiểm soát chặt chẽ đã dẫn đến một số vấn đề đáng lo ngại như: hoạt động y tế bất hợp pháp, sử dụng các bác sĩ không được cấp phép (bác sĩ “tay ngang”), và các quảng cáo gây hiểu lầm. Những vấn đề này đã và đang gây ra nhiều thách thức cho lực lượng chức năng trong việc giám sát và quản lý do số lượng lớn và sự thay đổi liên tục của các phòng khám này.